Samostalna služba za unutarnju reviziju obavlja unutarnje revizije u Ministarstvu i u institucijama iz nadležnosti Ministarstva, osim u onima koje će uspostaviti unutarnju reviziju; daje stručna mišljenja i ima savjetodavnu ulogu u cilju poboljšanja poslovanja; obavlja unutarnju reviziju svih programa, projekata, aktivnosti i poslovnih procesa primjenjujući metodologiju rada koju utvrđuje ministar financija; procjenjuje sustav unutarnjih kontrola te daje mišljenje i preporuke za poboljšanje sustava unutarnjih kontrola u revidiranom području te poboljšanje poslovanja; na temelju procjene rizika izrađuje prijedlog strateškog plana unutarnje revizije za trogodišnje razdoblje i godišnjeg plana unutarnje revizije; provodi analiziranje, testiranje i ocjenjivanje poslovnih funkcija iz nadležnosti revidiranih subjekata; obavlja revizije usklađenosti poslovanja sa zakonima i drugim propisima te s aktima Ministarstva; obavlja revizije uspješnosti poslovanja i financijske revizije; procjenjuje financijske i operativne procedure te pruža stručno mišljenje i preporuke o provedbi i poboljšanju kontrolnog okruženja; provjerava ekonomičnost i učinkovitost korištenja imovine; procjenjuje prikladnost i djelotvornost sustava unutarnjih kontrola u svrhu upravljanja rizicima poslovnih sustava i procesa koji ih podržavaju; obavlja unutarnje revizije komunikacijske tehnologije i sigurnosti informacijskih sustava; procjenjuje pouzdanost i adekvatnost informacijskih sustava u cilju smanjenja rizika koji proizlaze iz njihove intenzivne uporabe kao podrške odvijanju poslovnih procesa; provodi unutarnje revizije administracije, financijskog i tehničko-upravljačkog sustava programa i projekata koje u cijelosti ili djelomično financira Europska unija; obavlja pojedinačne unutarnje revizije procjene sustava unutarnjih kontrola u korištenju sredstava Europske unije; utvrđuje razinu usuglašenosti s zakonima i propisima te procedurama koje zahtijeva Europska unija; obavlja posebne revizije na zahtjev ministra ili prema potrebi; predlaže preporuke ministru u svrhu postizanja veće učinkovitosti i djelotvornosti sustava; prati provedbu preporuka navedenih u izvješćima iz prethodno obavljenih revizija; izrađuje strateške, godišnje i operativne planove revizije; izvještava o provedbi preporuka ministra najmanje jednom godišnje; izrađuje godišnja izvješća o radu unutarnje revizije; daje mišljenje o sustavu unutarnjih kontrola za revidirana područja u okviru Izjave o fiskalnoj odgovornosti; surađuje s Državnim uredom za reviziju; prati provedbu preporuka Državnog ureda za reviziju; izrađuje i održava program osiguranja kvalitete i poboljšanja unutarnje revizije; surađuje s nadležnom upravnom organizacijom u Ministarstvu financija, prati i predlaže stalnu edukaciju unutarnjih revizora u skladu s Međunarodnim standardima unutarnje revizije i propisima kojima se uređuje unutarnja revizija u javnom sektoru Republike Hrvatske.